1940–1950-е годы

Великая Отечественная война привела к новым изменениям в жизни команды. «Зенит» перешёл под опеку ГОМЗ (Государственного оптико-механического завода, позже – ЛОМО), а футболисты и тренеры были эвакуированы в Казань. Впрочем, в центр страны отправились не все – часть игроков осталась в Ленинграде и затем принимала участие в блокадных матчах, многие ушли на фронт. Братья Евгений и Валентин Шелагины, Николай Салостин, Самуил Козинец, Николай Лепека погибли на войне. Аркадий Ларионов, Борис Ивин, Леонид Дорофеев не пережили блокаду. 

Весной 1944 года «Зенит» вернулся в родной город, после чего сенсационно выиграл Кубок СССР. По пути к финалу были обыграны столичные «Динамо» и «Спартак», а в решающем матче ленинградцы сумели одолеть со счётом 2:1 «команду лейтенантов» – ЦДКА (голы у сине-бело-голубых забили Чучелов и Сальников). «Зенит» в этом розыгрыше выступал практически в неизменном составе: Леонид Иванов, Николай Копус, Иван Куренков (капитан), Алексей Пшеничный, Виктор Бодров, Алексей Яблочкин, Алексей Ларионов, Борис Левин-Коган, Николай Смирнов, Борис Чучелов, Сергей Сальников, а тренировал зенитовцев Константин Иванович Лемешев.

К сожалению, этот успех развить ленинградцам не удалось. Год за годом результаты команды снижались, а в 1948 году даже вставал вопрос о её расформировании. В 1958 году впервые в истории клуб возглавил иногородний тренер – москвич Георгий Иванович Жарков, который сделал ставку на воспитанников городских спортивных школ. Но ленинградцы Станислав Завидонов, Анатолий Дергачев, Вадим Храповицкий, Лев Бурчалкин, Николай Рязанов и Олег Морозов не смогли в том сезоне подняться выше четвёртого места.