1990-е годы

6 августа 1990 года «Зенит» официально вышел из-под многолетней опеки ЛОМО. Решением Исполкома Ленсовета был учреждён городской футбольный клуб, ставший согласно уставу самостоятельным предприятием. Первым президентом был выбран известный спортивный журналист Владислав Гусев.

Однако изменить ситуацию это не помогло. Из-за хронических финансовых и организационных проблем команда скатилась в стан аутсайдеров первой лиги, а по итогам сезона 1991 года оказалась в зоне вылета во вторую лигу. Только благодаря распаду Советского Союза «Зениту» вернули место в высшей лиге организованного чемпионата России.

Впрочем, удержаться среди лучших сине-бело-голубым не удалось, и ещё три сезона команда провела в первом дивизионе. За эти годы футбольный клуб «Зенит» подвергся кардинальной реорганизации, было зарегистрировано закрытое акционерное общество, а новым президентом стал Виталий Леонтьевич Мутко, в то время вице-мэр Санкт-Петербурга. Перелом в судьбе команды наступил после возвращения на тренерский мостик Павла Садырина, вернувшего «Зенит» в высшую лигу, но вскоре ему на смену пришёл Анатолий Бышовец.

Новый наставник придал действиям своих подопечных иные черты, а на лидерские позиции в «Зените» впервые вышли легионеры – игроки национальных сборных Украины, Армении, Молдавии и Белоруссии. Футбол, основанный на строгой игре в обороне и на дисциплине, казался не очень эффектным, но вполне эффективным. На этом тактическом багаже и при определённой свободе, которую привнёс в команду Анатолий Викторович Давыдов, 26 мая 1999 года «Зенит» выиграл Кубок России. Героем финального матча стал Александр Панов, сделавший дубль, а эффектную точку поставил Роман Максимюк – 3:1. Победу в решающем поединке добывали: Роман Березовский, Александр Бабий, Андрей Кондрашов, Саркис Овсепян, Алексей Игонин, Юрий Вернидуб (капитан), Константин Лепёхин, Александр Горшков, Геннадий Попович, Роман Максимюк, Александр Панов, Игорь Зазулин и Андрей Кобелев.